UGENE 1.27

UGENE Свободное кроссплатформенное биоинформационное программное снабжение. В UGENE включены 10-ки узнаваемых биоинформационных приборов и алгоритмов, легкодоступных как чрез графический интерфейс, этак и чрез командную строчку. Применяя интегрированный художник вычислительных схем разные приборы и методы имеют все шансы существовать скомпонованы в вычислительную схему. Чтоб снабдить наибольшее быстродействие вычислений, UGENE употребляет способности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации неких вычислительных задач. Наличествует еще вероятность убыстрить исполнение нужной задачки применяя пасмурные вычисления на Amazon EC2. Способности: - Творение, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей. - Розыск в интернет базах этих: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL - Многократное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee - Интернет и местный BLAST розыск - Рестрикционный тест со интегрированной основанием этих ферментов рестрикции REBASE - Встроенный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров - Розыск повторов в очередности ДНК: прямых, обратных, тандемных - Проектирование точечных графиков для ДНК последовательностей - Розыск страниц связывания транскрипционных причин с внедрением весовых матриц либо метода SITECON - Выравнивание маленьких последовательностей с поддержкою Bowtie, BWA либо модуля производства контигов UGENE - Розыск раскрытых рамок считывания - Клонирование in silico - Отражение 3D текстуры белков для форматов PDB и MMDB formats, помощь стереоэффекта - Предвестие вторичной текстуры белка с поддержкою алгоритмов GOR IV и PSIPRED - Встроенные пакеты HMMER2 и HMMER3 - Возведение (применяя встроенный пакет PHYLIP) и отражение филогенетических деревьев - Локальное выравнивание очередности с внедрением оптимизированной версии метода Смита-Ватермана - Комбинирование разных алгоритмов в вычислительную схему с поддержкою дизайнера вычислительных схем - Розыск шаблона итогов разных алгоритмов в нуклеотидной очередности с поддержкою дизайнера запросов - Визуализация этих секвенирования (BAM-файлов) с поддержкою обозревателя производств.