UGENE 1.29

UGENE - наверное свободное кроссплатформенное биоинформационное программное снабжение. В UGENE включены 10-ки узнаваемых биоинформационных приборов и алгоритмов, легкодоступных как чрез графический интерфейс, этак и чрез командную строчку. Применяя интегрированный художник вычислительных схем разные приборы и методы имеют все шансы существовать скомпонованы в вычислительную схему. Чтоб снабдить наибольшее быстродействие вычислений, UGENE употребляет способности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации неких вычислительных задач. Наличествует еще вероятность убыстрить исполнение нужной задачки применяя пасмурные вычисления на Amazon EC2. Способности Творение, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей; Розыск в интернет базах этих: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL; Многократное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee; Интернет и местный BLAST розыск; Рестрикционный тест со интегрированной основанием этих ферментов рестрикции REBASE; Встроенный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров; Розыск повторов в очередности ДНК: прямых, обратных, тандемных; Проектирование точечных графиков для ДНК последовательностей; Розыск страниц связывания транскрипционных причин с внедрением весовых матриц либо метода SITECON; Выравнивание маленьких последовательностей с поддержкою Bowtie, BWA либо модуля производства контигов UGENE; Розыск раскрытых рамок считывания; Клонирование in silico; Отражение 3D текстуры белков для форматов PDB и MMDB formats, помощь стереоэффекта; Предвестие вторичной текстуры белка с поддержкою алгоритмов GOR IV и PSIPRED; Встроенные пакеты HMMER2 и HMMER3; Возведение (применяя встроенный пакет PHYLIP) и отражение филогенетических деревьев; Локальное выравнивание очередности с внедрением оптимизированной версии метода Смита-Ватермана; Комбинирование разных алгоритмов в вычислительную схему с поддержкою дизайнера вычислительных схем; Розыск шаблона итогов разных алгоритмов в нуклеотидной очередности с поддержкою дизайнера запросов; Визуализация этих секвенирования (BAM-файлов) с поддержкою обозревателя производств..