UGENE Portable 1.29

UGENE Portable - наверное свободное кроссплатформенное биоинформационное программное снабжение. В UGENE включены 10-ки узнаваемых биоинформационных приборов и алгоритмов, легкодоступных как чрез графический интерфейс, этак и чрез командную строчку. Применяя интегрированный художник вычислительных схем разные приборы и методы имеют все шансы существовать скомпонованы в вычислительную схему. Чтоб снабдить наибольшее быстродействие вычислений, UGENE употребляет способности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации неких вычислительных задач. Наличествует еще вероятность убыстрить исполнение нужной задачки применяя пасмурные вычисления на Amazon EC2. Способности Творение, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей. Розыск в интернет базах этих: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL Многократное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee - Интернет и местный BLAST розыск Рестрикционный тест со интегрированной основанием этих ферментов рестрикции REBASE Встроенный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров Розыск повторов в очередности ДНК: прямых, обратных, тандемных Проектирование точечных графиков для ДНК последовательностей Розыск страниц связывания транскрипционных причин с внедрением весовых матриц либо метода SITECON Выравнивание маленьких последовательностей с поддержкою Bowtie, BWA либо модуля производства контигов UGENE Розыск раскрытых рамок считывания Клонирование in silico Отражение 3D текстуры белков для форматов PDB и MMDB formats, помощь стереоэффекта Предвестие вторичной текстуры белка с поддержкою алгоритмов GOR IV и PSIPRED Встроенные пакеты HMMER2 и HMMER3 Возведение (применяя встроенный пакет PHYLIP) и отражение филогенетических деревьев Локальное выравнивание очередности с внедрением оптимизированной версии метода Смита-Ватермана Комбинирование разных алгоритмов в вычислительную схему с поддержкою дизайнера вычислительных схем Розыск шаблона итогов разных алгоритмов в нуклеотидной очередности с поддержкою дизайнера запросов Визуализация этих секвенирования (BAM-файлов) с поддержкою обозревателя производств.